ائوزین Y از خانواده رنگهای فلورسئین بوده و به دلیل خاصیت اتصال به پروتئینها و اجزای سلولی، کاربرد گستردهای در بافتشناسی و بیوشیمی دارد. این ماده معمولاً همراه با هماتوکسیلین در رنگآمیزیهای تشخیصی (H&E) استفاده میشود و باعث تمایز واضح ساختارهای سلولی میگردد. در آزمایشگاههای شیمی، ائوزین Y میتواند بهعنوان معرف رنگی، شاخص و در برخی واکنشهای فوتوشیمیایی مورد استفاده قرار گیرد. همچنین در تحقیقات علمی برای ردیابی، نشاندارسازی و مطالعات فلورسانس کاربرد دارد.